ciao,
non basta fare il layout con css e div, l'ho detto molte volte, i browser hanno compatibilità diverse. bisogna progettare con firefox e poi applicare i trukki per visualizzarlo con quel pacco di IE che ha grossi problemi con il boxmodel:
http://www.constile.org/tutorial/IE5_box_model/
se fosse tutto così semplice chiunque potrebbe fare il webmaster.
altro link per capire come lavorare:
http://www.html.it/css/guida_css_15.htm
ciao e buon lavoro
osserva questo
www.leonardodavincifasano.it
la base è solarflare
visualizza l'html e studia,è l'unica cosa che posso dirti se non ho indicazioni maggiori,nè un link per capire il problema reale.
dato che dici di aver solo sotituito l'immagine con un flash verrebbe da pensare alle dimensioni del file in questione o da come sia stato richiamato nel template.
Ma restano supposizioni che non mi è possibile verificare
Per quel che riguarda la compatibilità di IE ha pienamente ragione Carloernesto,non è una faccenda facile.......bisogna cercare soluzioni specifiche riferite alla struttura e di IE hack purtroppo siamo pieni.