No non ho avuto problemi di hackers sinceramente, però preferisco la seconda strada perché nel vecchio sito ho fatto installazioni di componenti e poi li ho disinstallati perché non mi servivano.
No non sono un sysadmin però non sono uno sprovveduto

nel mio server avendo plesk mi da la possibilità di modificare il php.ini solo per il sito in questione e non su tutto il server, nel eventualità qualcosa vada male devo solo cancellare il dominio e rifare tutto da zero senza compromettere il funzionamento di tutto il server, poi anche se modifico il lato server posso sempre cancellare il piano creato e crearne uno nuovo senza problemi
Le modifiche le farei sempre da plesk e non modificando direttamente il php.ini che sinceramente e più scomodo da fare
Ciao
Juri