Non ti seguo, ora quindi la procedura è andata?
Da quello che ho capito tu sei su hosting gratuito, nulla di più facile che durante l'upload sia andato in timeout il client ftp durante la connessione al server e che ti sia perso qualcosa per strada, capita spesso anche per problemi legati alla connessione o a firewall o a proxy.
Per quanto riguarda la cartella "installation" sappi che in ogni caso la devi rimuovere, è un messaggio che ti esce ogni volta che fai un'installazione, cancellala e facci sapere in dettaglio.