Ciao.
Questa funzionalità di joomla non serve nella maggior parte dei casi e se il server è adeguatamente configurato per supportare joomla.
L'ftp layer, questo è il nome di tale funzione, è stata prevista per risolvere problemi relativi al chmod di files e cartelle e nei casi in cui ci sono problemi di ownership su files e cartelle.
Il problema è che i dati di accesso ftp vengono salvati in chiaro nel configuration.php e questo non è il massimo e può esporre a rischi per la sicurezza di tali dati.
E' un discorso abbastanza complicato e se ti va di approfondirlo puoi fare una ricerca su google usando i termini ftp layer joomla e troverai molti risultati.