Nel file index.php del template, cerca il div id header_img e ci inserisci questo codice :
<jdoc:include type="modules" name="flash" />
Poi crei un modulo personalizzato html, e tramite l'editor inserisci il tuo file swf.
La posizione del modulo sarà flash.
Prova a fare tutto, se hai problemi posta il link al sito.