Puoi fare un modulo wrapper, ma ma se si tratta di un menù te lo sconsiglio perchè ad utilizzare un menù non specifico per joomla, perderesti tutte le possibilità di gestione tipiche del cms come associazione di tipo di voce, associazione visualizzazione degli altri moduli, breadcrumb, ecc. ecc. Se proprio vuoi un menù particolare sfoglia la jed e trovane uno specifico per joomla che assomigli a quello come lo script che vuoi inserire.