Joomla! è il CMS più sicuro che esista; se fai una piccola ricerca ti accorgerai che ha vinto numerosi premi in merito, sbaragliando di netto la concorrenza; tuttavia c'è un però: il discorso vale per il core di Joomla! mentre per i componenti di terze parti, cioè sviluppati da personale esterno al team di sviuluppo di Joomla!, non ci sono garanzie, se non per i componenti più seguiti come VirtueMart ecc.
Tra la versione 1.0.x e la versione 1.5.x non esistono sostanziali differenze in fatto di sicurezza; tuttavia tieni presente che tra qualche tempo non verranno più rilasciati aggiornamenti per la prima versione, tra cui anche gli aggiornamenti di sicurezza.
Nota, inoltre, che gli aggiornamenti, anche in fatto di sicurezza, sono quasi mensili e credo che una intera squadra di programmatori espertissimi, come quelli di Joomla!, ne sappiano un bel po' di più di un singolo programmatore, per quanto bravo possa essere.
In definitiva posso dirti che chi ti ha bocciato il progetto si è dimostrato quantomeno superficiale ed ignorante in materia.
Per la tua seconda domanda: si è possibile inserire il tutto con piccole estensioni che ti consentono di inserire qualsiasi tipo di codice, bypassando la formattazione di Joomla!.
Spero di esserti stato utile!