Un CMS non è tanto diverso ad un sito che ti fai tu sotto l'aspetto del backup. Se salvi tutti i file (tramite un download ftp) e fai un backup del db (tramite, ad esempio, phpmyadmin), per il ripristino non dovrai fare altro che ricaricare tutti file (tramite un upload ftp) e un ripristino del db (tramite, ad esempio phpmyadmin).