Quando carichi i file e le cartelle nello spazio web con filezilla, vengono attribuiti i permessi di default del server.
Ora, che permessi di default attribuisce il tuo server?
Se sono 775 o 755 per le cartelle e 664 o 644 per i file va benissimo.
Poi penserà joomla ad attribuire eventuali permessi diversi. Ad esempio, se editi un css del template, vedrai che, al salvataggio, il file diventerà non scrivibile in quanto joomla attribuisce a quei file i permessi 555. Quando clicchi nuovamente sul tasto "modifica", joomla modifica i permessi, lo rende scrivibile per ritornare al non scrivibile al salvataggio.
A singoli file (come il configuration.php, ad esempio) puoi attribuire permessi particolari (444 o 440 o 400 a seconda delle impostazioni del server, per il configuration.php e per gli index.php)
Oltre questo, non toccare altri attributi a meno che non sia espressamente richiesto da qualche estensione.