Non sono molto ferrato in flash, ma presuppongo che non sia possibile, perché ogni volta che si clicca su un link la pagina viene ricaricata.
A meno che non utilizzi i frame dividendo l'header dalla parte sottostante dove metterai il menù e il contenuto.
A questo punto la parte sopra si aprirà una sola volta, seguendo la sua animazione, e la parte sotto navigherà normalmente.
Ci sono però due problemi.
1 I frame non sono ben accetti dai motori di ricerca.
2 Dovrai dividere il template in due parti.