Ciao 56Francesco e grazie per la risposta.
Forse mi sono spiegato male, il sito va benissimo, solo che per circa 4 mesi è rimasto on-line senza htacces attivo e sef nativo di joomla attivo, quindi a tutte le pagine seguiva l'index.php.
A google avevo inviato la sitemap di allora e il sito era indicizzato discretamente, poi causa cambio servizio di hosting, mi sono accorto che le pagine risultavano senza formattazzione e qui sul forum mi hanno consigliato di attivare il file htaccess e il sito è ritornato normale.
Dato che le pagine adesso risultavano senza l'index.php ho rifatto la sitemap e trasmessa nuovamente a google.
Fin qui tutto ok, solo che google indicizza ancora le vecchie pagine con l'index.php a seguire, che risultano senza formattazzione, puoi vedere anche tu:
http://www.kokkofitness.com/index.php/area-relax.html con l'index.php e senza template
http://www.kokkofitness.com/area-relax.html e normale.
Mi chiedevo se era questione di tempo e poi google non vedrà più quelle pagine o qualcosa da correggere??
Grazie.