ciao,
facciamo un po di chiarezza:
robots.txt è un protocollo di esclusione, quindi serve solo a dire al motore dove non andare. vi è però da dire che è invalsa la consuetudine di inserire in coda a tale file la direttiva Sitemap:, solo in questo caso si può dire che robots.txt serve ad includere delle pagine (ma si tratta di una sitemap, non di una pagina)
index.html serve ad impedire la visualizzazione del contenuto della directory ove non vi sia un altro 'default document'; ciò avverrebbe, comunque, solo se fosse indicata l'opzione indexes nella configurazione del server: cosa più unica che rara su un server di produzione.
permessi non c'entrano assolutamente niente con questo discorso (si parla di impedire il listing della directory, NON l'accesso alla stessa) quindi lasciali come stanno.
ciao,
marco