Firebug serve, come hai visto, a cercare e trovare il punto dove intervenire, fare la prova e verificare se va bene.
Poi devi trasferire il nuovo codice sul template.css o sul file .css indicato da firebug e trasferirlo via ftp sovrascrivendo quello originale. (Meglio sempre fare una copia di quello precedente prima di sovrascrivere).
Se ci sono immagini che non ti interessano, sempre sul file indicato da firebug, le puoi eliminare. Se invece parli di posizioni, quelle dipendono dall'index.php del template... per non vederle però è sufficiente non utilizzarle, non inserendo in quelle posizioni nessun modulo.