Mmmmm, strano. Prova a fare un file css per JCE. Lo metti nella cartella del template copiando il body del template.css originale, metti no e scrivi il percorso templates/nometemplate/css/nomefile.css. (Dove caricherai il nuovo file.css). A questo punto metti no e dovrebbe prendere quel file. Comunque non è grave, funziona tutto, no?