Stò ancora studiando la situazione, ma credo che joomfish influenzi chrome e la localizzazione fatta dai googlebot.
Nello specifico ho notato che più pagine ci sono tradotte in una lingua del sito e chrome segnala quella lingua come di default.
Non sò se sono riuscito ad esprimere bene il concetto... facendo un test su una decina di siti questo ragionamento sembra spiegare il comportamento di chrome e di google nella scansione del sito.
Quello che non capisco, premetto che non conosco bene il componente joomfish, è che se anche la lingua Italiana è impostata come default (i contenuti sono in Italiano), viene creata ugualmente la cartella it/ e la possibilità di tradurre le pagine della lingua di default.
Così facendo molti siti danno delle informazioni sbagliate alla scansione delle pagine, sinceramente mi sembra azzardato questo ragionamento ma può essere uno spunto per una probabile smentita.