sovrascrivere con la nuova versione di joomla e ripristinare il template risolve momentaneamente, ma non è detto che sia la soluzione. le versioni di joomla fino a 1.5.15 erano bucabili (in caso di estensioni vulnerabili a sql injection) e quindi la falla è chiusa, ma stai attento alle estensioni, da aggiornare anch'esse, e che l'hacker non si sia lasciato un cavallo di troia. in questo caso potrà riprendere il controllo del sito in qualsiasi momento.
la soluzione sicura è rifare l'installazione di joomla (su file system vuoto) e delle estensioni, ripristinare il db attuale e provvedere a tutti gli aggiornamenti.
ciao,
marco