Devi uploadare tutto sul server sovrascrivendo chiaramente tutto direttamente nella root.
Per il numero di elementi ti riferisci a ciò che hai in locale o a quello che sta in remoto?
Se ti riferisci al remoto:
probabilmente il num. di cartelle e files che tu vedi sul server è diverso da quello dell'immagine perchè magari nel frattempo hai aggiunto estensioni che hanno aumentato il num. di cartelle (es. gallerie immagini con cartelle contenenti immagini, gestione documenti con cartelle aggiuntive contenenti appunto i documenti, etc.), quello che vedi nell'immagine è l'elenco per una installazione standard.
Ma tu devi semplicemente portare in remoto i file e cartelle del pacchetto di aggiornamento, sovrascrivendo il tutto come ti detto già su.
Se ti riferisci al locale:
a proposito, ma stai usando i pacchetti di aggiornamento dalla tua vecchia ver. alla nuova, è vero? O stai usando il pacchetto completo dell'installazione ex novo di joomla? Attenzione che si deve usare il pacchetto di aggiornamento, mi raccomando, lì sì che vedrai meno roba perchè ci sono solo gli elementi da aggiornare, quindi...
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Hai la 1.5.14 come hai scritto, giusto?
Quello che devi usare è questo: http://www.joomla.it/download/235-aggiornamento-da-joomla-1-5-14-a-joomla-1-5.html