Siccome ho una mia ipotesi di come sia potuto avvenire l'attacco ti direi di verificare il chmod (permessi) dei files e delle cartelle di joomla perchè se è come penso rifai il sito e te lo ritrovi bucato di nuovo.
Il tutorial migliore che ti posso fornire per la sicurezza del tuo sito si sintetizza in una sola frase: backup del sito e del database che conservi gelosamente in modo tale che se lo trovi bucato lo ripristini in 15 minuti la prossima volta. Non c'è soluzione migliore visto che di idioti in giro che si divertono così ce ne stanno tanti.
Il sito più sicuro è quello che non esiste. Per cui trai le debite conclusioni: backup, backup, backup
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