Ciao e benvenuto nel forum di joomla.it
Non dovresti avere problemi, se dici che era tutto (quasi) nuovo, al massimo avrai sovrascritto i file e cartelle, compresi quelli da aggiornare; l'unica cosa da controllare è la funzionalità di qualche estensione che magari tu avevi aggiunto a parte, giusto per controllo.
Non ti ha chiesto di configurare db o altro perchè ha trovato già il configuration.php settato a dovere con i dati di connessione al db, il percorso assoluto del sito, il prefisso tabelle, etc.
In ogni caso il cuore è il db che tu chiaramente non hai toccato.
Facci sapere se vedi qualcos'altro che non va, ciao.