Ciao
E' ovvio che una volta fatto il sito in locale e trasferito in remoto le modifiche avranno effetto solo su dove esse sono state fatte, Non mi preoccuperei per piccoli aggiustamenti e li farei tutti in remoto e terrei in locale solo una copia aggiornata magari ripristinata ogni volta da un backup mensile, in modo da essere sicuro di aver un backup valido ed in cui andare a sperimentare eventuali problemi derivanti da installazioni di nuovi componenti prima di farlo in remoto.