Non sono un espertone, però questo problema mi si era verificato in passato attivando le sef url rinominando il file .htaccess
Controllate se il file htaccess è scritto correttamente, ci sono giusto un paio di opzioni da settare scrivendo e cancellando un #. nel wiki è spiegato piuttosto bene. anche nel forum ci sono un paio di topic molto utili.
Spero di esservi stato d'aiuto