Sì giusto. Il file template lo lasci com'è, dicevo di farne una copia e svuotarla solo per comodità, per avere il file vuoto ed incollare il body che ti serve. Poi lo rinomini editor_content.css (in modo che JCE lo trovi) e lo carichi via ftp.
Tu scrivi
in modo da rinunciare ad applicare all'editor ICE il foglio di stile del nostro template.
quindi immagino che non vuoi nell'editor il css del body che hai. Allora devi scriverne uno tu, come ti serve. Se invece il css originale ti va bene ma vuoi solo, ad esempio, togliere lo sfondo, nel nuovo file lasci il body originale senza la riga che carica il background.