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tu scrivi:
per evitare di fare pasticci nella root.
forse ti confondi con i sistemi win e con il loro stramaledetto file system?
nei sistemi non win, come ad esempio linux i pasticci che li faccia nella root o altrove non lasciano segni, semplicemente perchè non c'è quel marchingegno infernale di win e qualsiasi software se ne sta buono nella sua cartelletta e non da fastidio a nessun altro, meno che mai lascia tracce se lo cancelli, al contrario dei server sozzi linux applica la differenziata!

quindi segui il consiglio di tuffare il tuo sito nella root, a capofitto perfino, invece di star li a marchigegnare per complicare le cose semplici..
magari lascia nella sottocartella il sito per fare le prove, sempre che tu abbia un altro database, in tal caso modifica il file robot.txt dicendo ai motori di ricerca di non indicizzare quella intera sottocartella.