La direttiva che hai usato, <jdoc:include type="module" name="header" style="xhtml" />, indica che va inserito lì il modulo di tipo header (che di default non esiste), quindi ti chiedo: il modulo smart flash header è di tipo mod_header?
Se così non fosse, usa invece questa direttiva: <jdoc:include type="modules" name="heade_img" style="xhtml" />
In questo modo definisci una posizione modulo di nome header_img, quindi lato amministrazione devi impostare lo smart flash header in posizione header_img