RISOLTO!!!
Non era una questione di z-index ma di codice di inserimento per flash!
In pratica quello che io avevo inserito era:
<div><embed width="1048" height="288" src="./Flash/IntestazioneMC.swf" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash"></embed></div>
CHE NON FA FUNZIONARE CORRETTAMENTE IL FILE SWF!!!!
IL CODICE GIUSTO E' IL SEGUENTE:
<script type="text/javascript">
AC_FL_RunContent( 'codebase','http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,0,0','width','1048','height','288','id','IntestazioneMC','align','middle','src','./Flash/IntestazioneMC','quality','high','bgcolor','#000000','name','IntestazioneMC','allowscriptaccess','sameDomain','allowfullscreen','false','pluginspage','http://www.macromedia.com/go/getflashplayer','wmode','opaque','movie','./Flash/IntestazioneMC' ); //end AC code
</script><noscript><object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,0,0" width="1048" height="288" id="IntestazioneMC" align="middle">
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="allowFullScreen" value="false" />
<param name="wmode" value="[glow=red,2,300]opaque[/glow]" />
<param name="movie" value="./(percorso)/file.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="bgcolor" value="#000000" />
<embed src="./(percorso)/file.swf" quality="high" bgcolor="#000000" width="1048" height="288" name="Intestazione" align="middle" allowScriptAccess="sameDomain" allowFullScreen="false" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" />
</object></noscript>
FATE PARTICOLARE ATTENZIONE AL PARAMETRO wmode che deve avere il valore impostato su "opaque"
POI E' DETERMINATE LA PRESENZA DEI SEGUENTI SCRIPT ALL'INIZIO DELLA PAGINA:
<script language="javascript">AC_FL_RunContent = 0;</script>
<script src="./(percorso)/AC_RunActiveContent.js" language="javascript"></script>
Ovviamente la dove io ho scritto "(percorso)" voi inserirete il percorso ed il nome giusto del file (sia per gli .swf che per il file AC_RunActiveContent.js)