joomla ha mootool come framework javascript.
jquery se ti serve lo devi includere manualmente.
ma come hai potuto verificare, usandoli entrambi spesso si incappa in conflitti fra i due.
il metodo per risolvere c'è, basta mettere
jQuery.noConflict();
subito l'inizio dello script jquery e sostituire tutti i $ con jQuery presenti nello script.
non so se è una cosa didattica che stai facendo, comunque nella JED ci sono già dei plugin sia per lo scrollto sia per includere jquery