I file delle gallerie create con phocagallery sono dentro la cartella images/phocagallery/tua_categoria
Non so quanto ti convenga caricare le immagini con il file manager. Io faccio cosi, creo una cartella all'interno di
images/phocagallery/tua_categoria
e traferisco le immagini in /tua_categoria. Poi dal sito non faccio altro che dirgli che quella cartella è la mia categoria e genero le miniature.
la spiegazione è molto easy, ma se già hai usato phocagallery sai esattamente come procedere.