joomla 1.6 ha una funzione che, anche con l'editor disattivato, filtra alcuni tag html, cancellandogli se "non gli piacciono". Hai provato a disabilitare questa funzione?
per farlo vai in contenuti>gestione articoli>opzioni, selezioni il tab "filtri testuali" e alla voce Public selezioni "nessun filtro".