Gli script js vanno inseriti nell'index del template compresi i tag html primari (html, head, body), negli articoli crei solo la struttura html dell'articolo (i vari div, p ecc ecc) (richiamata poi dal codice <jdoc include type="component"> direttamente dall'index del template che stai utilizzando).
Quindi dopo inserisci sempre il tuo codice js nell'index e automaticamente prende tutti gli articoli.