Probabilmente ti conviene preparare una tabellina che faccia da mappa di conversione degli ID di categorie e contenuti nel DB da riversare, in modo che siano più alti di quelli del DB che li riceverà.
In seguito potresti fare un po' di viste identiche alle tabelle originali ma che pescano l'ID convertito secondo la mappa.
Da queste viste puoi prendere i dati da accodare al DB "ricevente".
Il menu magari conviene integrarlo manualmente.
"Divertente", comunque, tradurre gli ID di tabelle come #__assets, #__users e collegate.
Si fa, per l'amor del cielo.. però non è banale.