Risolto!
Adesso i link in home portano all'articolo in sezione
alla riga 558 di components/com_content/content.html.php
if ( $row->_Itemid && $row->_Itemid != 99999999 ) {
// where Itemid value is returned, do not add Itemid to url
//$row->Itemid_link = '&Itemid='. $row->_Itemid;
//hack per avere i link in home che portino all'articolo in sezione
$row->Itemid_link = '&Itemid='. $mainframe->getItemid( $row->id, 0, 1);