Tutto dipende dal tipo di aggiornamento, se devi solo pubblicare dei nuovi articoli non c'è motivo di smazzarsi con backup e varie. Stessa cosa anche per il cambio dei template.....immagino che tu lo abbia personalizzato in locale magari dando alle posizioni gli stessi nomi.
Se invece per esempio fai una migrazione da j1.5 a 1.7 la cosa ha più senso, inoltre altre valutazioni da fare sono quanti articoli hai nel sito e che funzioni avanzate (componenti/moduli) hai.
Non c'è mai una soluzione che vale per tutto, fatti delle domande e datti delle risposte ti direbbe marzullo!