Risolto!
Si entra nella sezione plugin e si apre la scheda dell'editor predefinito, nel mio caso, quello di default: Editor - TinyMCE 2.0
Si disabilita la funzione "Pulizia codice al salvataggio"
A questo punto, negli articoli si può inserire il codice html senza perdere eventuali tag aggiuntivi che l'editor stesso eliminerebbe al salvataggio.
Al momento della pubblicazione, nel sorgente, appare il tag canonical.