Non l'avevo specificato, perché mi sembrava ovvio, dato che vengono caricati con il client ftp e che in genere sulla cartelle del sito non vedi nulla di zippato, salvo eventuali documenti per il download, tipo quelli di Jdownloader.
Per chiarire: i file che vedi zippati sono quelli che erroneamente hai caricato per l'installazione da cartella?
O quelli che avevi provato a caricare con l'uploader di Joomla e che avevano prodotto il primo messaggio di errore "Unable to write entry"?
E le cartelle create ma vuote, a quali si riferiscono?
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Edit: Mi era sfuggito, ma il template beez_20 originale lo avevi precedentemente cancellato?
O lo volevi sovrascrivere, perché l'errore "copia fallita" può corrispondere al fatto che non riesce a sovrascrivere qualche file