scusa, domanda, hai detto che i file ftp corrispondono tutti, allora sei già entrato in ftp.

Poi dici che ti ha cambiato le password ftp e che non puoi accedere, ma come hai fatto a controllare quello di prima?

Non è che hanno hackerato anche te?

hai un backup vecchio del sito?, fai man bassa, cancelli tutto e ricarichi sopra i vecchi files puliti e dai una controllata come dice napo,
ma se nel giro di mezz'ora oltre a defacciarti ti hanno cambiato le password, o stavano finendo l'hacking o hai un worm nel tuo computer che comunica i tuoi movimenti al lameruzzo!
Visto che è un sottodominio, comunica l'accaduto al manteiner del dominio.