Buongiorno,
Semplicemente, da un giorno all'altro google non ha più trovato gli atricoli sotto l'url già indicizzata, ma li ha trovati con un /it/ dopo il dominio, per questo ha declassato i contenuti.
è sempre consigliabile, quando si applicano queste modifiche strutturali, utilizzare il plugin redirect per creare una sorta di ponte tra il vecchio url (senza /it/) ed il nuovo (con /it/) in modo che google riesca a trovare l'articolo che aveva indicizzato.