dall'index.php non puoi cambiare il logo, il template è costituito da tante immagini e da elementi grafici generati dal css, le immagini sono dentro la cartella templates/nometemplate/images fattene una copia in locale la apri e vedrai tutto ciò che compone il template.
Cerca l'img del logo la modifichi come vuoi tu (mantenendo le dimensioni) poi la rimetti on line con l'ftp andando a sostituire la copia originale nella stessa posizione quindi lasciando lo stesso nome, fatto questo non devi modificare nulla, fai il refresh della home e vedrai il nuovo logo.