se hai fatto tutto correttamente significa che il malware sta anche su files che non fanno parte del core di joomla, molto probabilmente o c'è una shell o sono state iniettate anche le estensioni che hai installato.
Dovresti fare la stessa operazione per le estensioni.
Forse più semplice sarebbe installare tutto nuovamente, core ed estensioni, poi scambiare i database... l'unica cosa che dovrai riallineare sarà il template.
un link al sito?
M.