appunto... guarda che non è un'offesa, veramente non è semplice risolvere il problema a distanza perchè basta un click sbagliato e riparte tutto....
Io ricomincerei da 0 reinstallando tutto su uno spazio pulito e un pc accuratamente "disinfettato" offline.
..alla fine ci sarà da fare abbondante turpiloquio nell'unione col vecchio db... ma è l'unica via che puoi percorrere da sola.
Se la vuoi percorrere devi rispettare un ordine:
1) Backup files e database in due cartelle diverse e conservarle zippate sul desktop
2) Certi di avere il backup, cancellare tutto sullo spazio remoto e tutto le tabelle del db se non si hanno più db a disposizione, altrimenti usarne un'altro per la nuova installazione.
DA QS MOMENTO LA CARTELLA COI FILES ZIPPATI NON DEVE PIU ESSERE APERTA
3) scansione offline con 2 antivirus e solo quando tutto è a posto si può cominciare a reinstallare tutto.
4) Se si gestiscono altri siti attenzione che sicuramente vi siete portati dietro tutto.
5) finito di reinstallare Joomla passate alle estensioni che erano presenti scaricando NUOVAMENTE le ultime versioni e reinstallandole.
Il template di prima puoi reinstallarlo solo se lo riscarichi, non usare il precedente, poi se ti servono i css vediamo come recuperarli.
..non c'è molto altro da dire anche perchè se vedi in giro sono sempre le solite cose, solo che bisogna farle e farle bene.
M.