Ciao, spero con la mia risposta di esserti di aiuto.
TUTTI i portali di grandi dimensioni (specie con tanti articoli, messaggi, utenti, etc.) NON riescono a migrare con jupgrade e simili. E' un dato ormai accertato.
Io sto ricreando interamente tutti i miei GRANDI portali uno ad uno con alcune soluzioni che mi permettono di non perdere alcuna indicizzazione nei motori di ricerca (il che, come saprai, è vitale se si basa la propria economia sugli introiti pubblicitari e quindi sulle visite).
Il vantaggio, se vogliamo proprio trovarlo, è che con una creazione ex novo del portale ti togli tutti quei possibili buchi, doppioni, etc. che permettono anche ad hackers non grandiosi di bucarti o anche solo agli stessi componenti e plugin spesso di non funzionare correttamente.
Per la migrazione di utenti, articoli e categorie, uso J2XML... Lo devi settare bene in modo che importi anche gli ID.. Poi, a mano ti dovrai rifare le voci di menu. Infine provi se i link degli articoli sono uguali alla versione precedente (se hai operato bene, non ci dovrebbero essere problemi).
In merito al forum (se ne hai) ti sconsiglio di fare come alcuni che modificano semplicemente nel database la radice delle rispettive tabelle (es. da jos a ... beh, quello della versione che usi di Joomla) perché crea delle falle.
Ah, ricordati di - via ftp - importare tutte le img, e poi di ricreare eventuali moduli, banner, etc..
Spero d'esserti stato utile.