In genere su j2.5 se disinstalli un estensione con la procedura di disinstallazione vengono eliminate anche le cartelle, magari le uniche che rimangono sono quelle che vengono create dentro la cartella images, che se dovessero contenere file, con la disinstallazione le perderesti per sempre.
Invece in molti casi rimangono le tabelle create nel database, ma questo non è un male, metti che disinstalli acymailstarter, reinstallandolo ti ritroveresti i tuoi iscritti, le tue newsletter, i tuoi template......
Quindi se vuoi fare pulizia ti consiglierei una installazione nuova di zecca con componenti, moduli e plug in che usi nel sito pubblicato, magari in una sottodirectory, una volta installato questa nuovo e fresco ma vuoto sito, non ti rimane altro che cambiare le credenziali del database in configurazione, sostituendole con quelle del database storico, aggiornare i percorsi tmp e log, spostare provvisoriamente i file del vecchio sito in una cartella chiamata OLD e spostare la nuova installazione nella root del sito.