Se posso darti un consiglio evita di modificare i permessi, ne va della sicurezza del sito... 755 (cartelle) e 644 (file) sono perfetti... il cambiare i permessi la lascerei come ultimissima soluzione
Prima prova cosi:
Vai in: Menu -> Gestione Menu e clicca su Rigenera
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Apri una categoria per volta e clicca su salva e chiudi (prima le categorie principali e poi le sotto categorie)