ciao marco non ho capito cosa intendi fare con il configuration.php: in root non ti piace più? E' chiaro che ad ogni aggiornamento perdi le modifiche: ogni volta che installi il nuovo pacchetto sovrascrivi i file del core!
Quindi la soluzione può stare solo nel modificare il pacchetto prima ancora di installarlo, in questo modo non avrai errori subito dopo perchè il file che hai sovrascritto viene sostituito da uno già modificato
