Ho risolto, il problema è che non era impostato nessun tipo di accesso per gli articoli, public/registred/special, nessuno di questi, c'era uno spazio bianco perchè ho importato gli articoli con una query sql e non avevo riempito il campo access
Ora, in Configurazione globale impostando Attiva URL SEF su No funziona tutto perfettamente, invece impostandolo su Si rimane Home su ogni pagina.
Ovviamente lascerò Si, ma se qualcuno avesse una spiegazione mi faccia sapere!
Grazie!