Ciao, buongiorno,
se lato joomla hai impostato tutto correttamente, per quanto "strano" ti possa sembrare, mi pare che potrebbe essere qualche impostazione "lato server"...
Puoi tentate anche:
cambiare editor (usare il tiny mce o jce)
cambiare browser (firefox,chrome)
cambiare plugin per l'inserimento del codice, eventualmente re-installarlo.
Fatte queste cose non ti resta che guardare "lato server"