Ok, questo è quanto ho fatto, ma il problema persiste:
ho scaricato in locale il file htaccess.txt
ho editato la riga #rewriteBase / in rewriteBase / joomla (che è la cartella in cui è caricato joomla)
ho rinominato il file htaccess.txt in .htaccess e caricato di nuovo via ftp nella cartella joomla.
Il mod_rewrite credo sia abilitato perchè nello stesso file .htaccess c'è scritto mod_rewrite on.
Ho anche provato a commentare la riga Options +FollowSymLinks in # Options +FollowSymLinks, ma lo stesso non riesco ad accedere al pannello administrator e l'errore è sempre lo stesso, 500.