Ciao,
che io sappia il codice di monitoraggio è univoco, nel senso che serve per controllare il singolo sito, non ho mai provato ad associare lo stesso codice a più siti, quindi non so come si comporta.
Secondo me ti conviene attivare 2 codici di monitoraggio così da avere i risultati distinti per ogni sito.
Questo è quello che farei io.
Quando cominci ad avere i risultati di monitoraggio scrivi il commento, così da aiutare anche altri.
Buon lavoro