Ciao
Suppongo che tu abbia controllato se, nella testata della pagina che contiene il logo, siano chiamati entrambi i files template.css e css_dcdf5.css.
Se è così, html legge il primo dei due e poi il secondo, nell'ordine con cui sono definiti nella testata, e combina fra di loro le due definizioni di h1.logo a: in caso di discordanza (se ad esempio una dicesse right e l'altra left) viene applicata l'ultima regola letta.
Controlla bene se i due files css sono compatibili tra di loro: se vi sono dei conflitti dovrai decidere tu cosa fare, probabilmente cancellando, fra le definizioni doppie, quelle identiche (e quindi inutile duplicarle) e quelle che non ti piacciono.
Controlla anche se in altre pagine vengono chiamati due files css: io sono dell'idea che il file css per un sito debba essere uno solo, anche se molto grande, riservando eventualmente qualche piccolo file css all'uso con Microsoft Explorer (che fa regole a sé) e per la gestione del sito offline.
Circa gli spazi su notepad, non è un problema del programma, ma del file da visualizzare: se gli spazi ci sono vengono visualizzati, altrimenti no. Purtroppo molto programmatori, per risparmiare (poco) spazio nei loro files ne fanno la compattazione eliminando tutti gli a capo. Risultato, il file diventa poco leggibile ed assolutamente ingovernabile, anche se funziona.
Consiglio: evitare di aver a che fare con simili files

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