che io sappia, ma cmq aspetta pareri di utenti più esperti, non puoi integrare solo una parte di locale, in un sito remoto, fatto salvo il caso in cui locale e remoto sono gemelli, e magari hai lavorato su uno o più files in locale, ci sarebbero invece più problemi per trasferire dati del db.
Quindi, o lavori da remoto per portarti alla pari con il locale, o prosegui sul locale e poi trasferisci tutto sul remoto.
Forse qualcuno esperto, riuscirebbe a trasferire sia i files sia i dati del db, integrandoli (la tua domanda) ma credo debba essere veramente bravo e sapere dove mettere le mani xchè parliamo di tanti files che joomla crea per compiere una determinata operazione.
Spero di essere stato chiaro.