1.
nessuno può garantire che niente sia stabile e sicuro, e su questo si mettano un po' tutti il cuore in pace.
2.
backup da dove. se era del sito on line questa non è certo una garanzia che non ci fossero già dentro cavalli di troia o shell remote
3.
e le estensioni...
sei tu che hai gli hacker nel sito ed il discorso della versione d J abbandonata e non più sviluppata fa molta presa dal punto di vista giuridico. quindi, o dimostri che sia un problema del server, o hanno ragione loro. sei tu in difetto, quindi spetta a te l'onere di dimostrare che la cosa non è a te imputabile.
ciao.